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In Situ Hybridization
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페이지 : 정보준비중 | 0.00 * 0.00 * 0.00 (cm)
ISBN-10 : 0199636583
ISBN-13 : 9780199636587
In Situ Hybridization [Paperback] 중고
저자 Wilkinson, D. G. (Edt) | 출판사 Oxford U.K
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1999년 2월 25일 출간
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In situ hybridization is used to reveal the location of specific nucleic acids sequences on chromosomes or in tissues, a crucial step for understanding the organization, regulation and function of genes. This popular, hands-on guide has been thoroughly updated to cover the key techniques currently in use. These include in situ hybridization to mRNA with oligonucleotide and RNA probes (both radio labelled and hapten labelled); analysis with light and electron microscopes; whole mount in situ hybridization; double detection of RNAs and RNA plus protein; and fluorescent in situ hybridization to detect chromosomal sequences. The protocols are complemented by advice on strategies for successful results, descriptions of the theoretical basis for the methods, and important new developments in gene expression databases. Collecting reliable and well-tested techniques, this volume will prove an essential tool for a wide range of biomedical researchers.

저자소개

목차

List of contributors xv
Abbreviations xvii
The theory and practice of in situ 1 (22)
hybridization
David G. Wilkinson
Introduction 1 (4)
Preparation of Probe 5 (5)
Type of probe and method of synthesis 7 (1)
Length of probe 8 (1)
Label 9 (1)
Preparation of tissue 10 (1)
Fixation 10 (1)
Embedding and sectioning of tissue 10 (1)
Subbing of Slides 11 (1)
Pre-treatments of tissue 11 (1)
Hybridization and washing 12 (2)
Optimal conditions for hybridization 12 (2)
Post-hybridization washing 14 (1)
Visualization of Signal 14 (4)
Radioactive probes 14 (1)
Hapten labelled probes 15 (1)
Double staining techniques 16 (2)
Controls and troubleshooting 18 (2)
Photography 20 (3)
Acknowledgements 21 (1)
References 21 (2)
Oligonucleotide probes for in situ 23 (46)
hybridization
Marcus Rattray
Gregory J. Michael
Introduction 23 (1)
Design of oligonucleotide probes 23 (6)
Theoretical considerations 23 (4)
Design in practice 27 (2)
Oligonucleotide probe synthesis 29 (4)
Manufacturing oligonucleotides 29 (1)
Oligonucleotide purification 29 (3)
Quantification of oligonucleotide 32 (1)
Oligonucleotide labelling 33 (6)
Choice of labelling method 33 (1)
3' end-labelling with radiolabelled 34 (4)
nucleotides
Non-radioactive 3' end-labelling 38 (1)
In situ hybridization with oligonucleotides 39 (16)
Tissue preparation 39 (6)
Hybridization and post-hybridization 45 (6)
washes
Combined in situ hybridization with 51 (2)
immunocytochemistry
Controls for in situ hybridization 53 (2)
Detection of hybrids and quantification 55 (9)
Detection of radiolabelled probes 55 (6)
Imaging and analysis of sections 61 (3)
hybridized with radiolabelled probes
Image analysis using non-radioactive 64 (1)
probes
Stock solutions and precautions against 64 (5)
RNase contamination
References 66 (3)
Detection of mRNA in tissue sections with 69 (18)
radiolabelled riboprobes
Antonio Simeone
Introduction 69 (1)
Recovery and fixation of embryos 69 (2)
Wax embedding, orientation, and sectioning 71 (4)
Probe preparation 75 (1)
Pre-treatment and hybridization 76 (2)
Post-hybridization washes 78 (1)
Autoradiography 79 (1)
Developing, staining, and photography 80 (2)
In situ hybridization on cryosections 82 (1)
Useful molecular markers to define gene 83 (4)
expression patterns
Acknowledgements 84 (1)
References 84 (3)
In situ hybridization of mRNA with hapten 87 (20)
labelled probes
Qiling Xu
David G. Wilkinson
Introduction 87 (1)
When to hybridize to sections or whole 87 (1)
mounts
General strategy 88 (1)
Whole mount in situ hybridization 89 (10)
Preparation of labelled RNA probe 90 (2)
Fixation and pre-treatment of embryos 92 (3)
Hybridization, washing, and detection of 95 (4)
probe
In situ hybridization to tissue sections or 99 (5)
cultured cells
General precautions 99 (1)
Preparation of tissue sections or 100 (1)
cultured cells on slides
Pre-treatments, hybridization, washing, 101 (3)
and detection of probe
Photography 104 (3)
Acknowledgements 106 (1)
References 106 (1)
Two colour in situ hybridization 107 (20)
T. Jowett
Methods of localization of multiple 107 (14)
transcripts
Two colour in situ hybridization with 110 (3)
chromogenic substrates for alkaline
phosphatese and horse-radish peroxidase
Two colour in situ hybridization with 113 (4)
chromogenic substrates for alkaline
phosphatase
Double fluorescent in situ hybridization 117 (4)
Methods for simultaneous in situ 121 (6)
localization of transcripts and tissue
antigens
Indirect immunolocalization of a tissue 122 (1)
antigen
Immunolocalization by the peroxidase 123 (1)
anti-peroxidase (PAP) method
Immunolocalization by the ABC method 124 (2)
References 126 (1)
Electron microscope in situ hybridization: 127 (34)
the non-isotopic post-embedding procedure
Francine Puvion-Dutilleul
Introduction 127 (1)
Preparation of biological material for 128 (3)
ultrathin sectioning
Fixation 128 (1)
Dehydration and Lowicryl embedding 129 (1)
Supports for ultrathin sections 130 (1)
Sectioning and recovering ultrathin 131 (1)
sections
Probes 131 (2)
Generalities 131 (1)
Probe choice 131 (2)
Hybridization 133 (5)
Generalities 133 (1)
Hybridization solution 133 (1)
Heat treatment of the hybridization 134 (1)
solutions
Formation of hybrids on ultrathin sections 134 (2)
Post-hybridization steps 136 (1)
Hybridization protocol 137 (1)
Specific preparations of target molecules 138 (3)
prior to hybridization
Why and how does one improve the 138 (2)
accessibility of the probe to the target?
Why and how to perform nuclease 140 (1)
digestion(s) prior to hybridization
Controls of the specificity of the detection 141 (1)
Routine protocols for specific detection of 142 (13)
defined nucleic a cid sequences and
applications
Specific detection of DNA sequences by 142 (6)
using biotinylated double-stranded DNA
probes
Specific detection of RNA sequences by 148 (7)
using biotinylated probes
Double detections 155 (1)
Simultaneous detection of two distict 155 (1)
nucleic acid sequences
Simultaneous detection of a nucleic acid 156 (1)
sequence and an antigen
Conclusions 156 (5)
Acknowledgements 157 (1)
References 157 (4)
Detection of genomic sequences by 161 (29)
fluorescence in situ hybridization to
chromosomes
Lyndal Kearney
Introduction 161 (1)
FISH: practical considerations 162 (14)
Preparation of metaphase chromosomes 162 (1)
Probes for FISH 163 (4)
Pre-treatment of chromosomal DNA 167 (1)
Competitive in situ suppression 168 (3)
hybridization
Detection of bound, labelled probe 171 (3)
Visualization of signal 174 (2)
Troubleshooting 176 (1)
Applications 177 (13)
Gene mapping 177 (2)
Identification of genetic material of 179 (3)
unknown origin
Comparative genomic hybridization (CGH) 182 (1)
Breakpoint identification 183 (1)
Interphase analysis 184 (1)
Comparative mapping 184 (1)
Gene expression, structure, and function 185 (5)
References 190 (1)
Gene expression databases 190 (25)
Duncan Davidson
richard Baldock
Jonathan Bard
Mathew Kaufman
Joel E. Richardson
Janan T. Eppig
Martin Ringwald
Introduction 190 (1)
The database approach: combining 190 (3)
information in a common format
Descriptions of embryos: information 190 (1)
formats for developmental biology
Molecular anatomy: a new description of 191 (1)
the embryo
Using gene expression data to build 191 (1)
molecular pathways
Linking pathways with processes at the 192 (1)
cell and tissue levels
Problems with the database approach 192 (1)
Outline survey of gene expression databases 193 (12)
Caenorhabditis 194 (1)
Drosophila 194 (1)
Zebrafish 195 (1)
Xenopus 196 (1)
Mouse 196 (8)
Human 204 (1)
Specialist data 205 (1)
Using gene expression databases 205 (7)
Practical considerations in preparing to 205 (6)
enter data into a database
Querying the database 211 (1)
The future of gene expression databases 212 (3)
Between-species links 213 (1)
Acknowledgements 213 (1)
References 214 (1)
Appendix 215 (6)
Index 221

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